После нескончаемой войны с метастриомическими Силами, могучая организация Секрета Секрутарум к которой вы принадлежите, наконец-то готова уничтожить упорную Федерацию, даже не смотря на интенсивную борьбу за власть и могущество.
Персонаж за которого предстоит играть, просыпается в странной пещере под Новым Эденом после жестокого боя, в котором он увидел как погибли его товарищи. Персонаж все еще помнит что он член секретного сообщества E.Y.E, которая напрямую связана со Секретой Секрутарум. Этот одиночка попытается нанести удар всемогущей Федерации, коалиции из нескольких миров правящая железной рукой.
Он быстро понимает что его организация, E.Y.E, наполнена внутренними конфликтами. Между фракциею Дьянь и Калтер вражда. Игрок будет быстро разорван между его вышестоящим и главой Секреты: командир Риманах который сепаратист с большой амбициею и его друг инструктор, которого зовут "Ментор". Ментор пытается любой ценой объединить две противоборствующие, но родные фракции. Игрок оказывается посреди братоубийственной войны, политическими заговорами и борьбой за власть, в которой переплетены различные группы и мега-корпорации.
В таком контексте проблем и изменений на человечество нападает сила неведомого происхождения, которое использует людей для их же самоуничтожения.